Il sindaco del Comune capoluogo, Virginio Merola, è anche sindaco metropolitano.
Come previsto dallo Statuto, il sindaco ha provveduto alla nomina di un vicesindaco (ruolo ora affidato al consigliere Massimo Gnudi - Vicesindaco metropolitano. Politiche per l’Appennino bolognese e coordinamento delle relative politiche settoriali) e all’assegnazione delle deleghe ad alcuni consiglieri metropolitani (Irene Priolo - Infrastrutture, Mobilità e viabilità; Daniele Ruscigno - Scuola, Istruzione, Formazione, Edilizia scolastica; Isabella Conti - Pianificazione territoriale e urbanistica; Marco Monesi - Bilancio, Patrimonio ed edilizia istituzionale, Personale; Lorenzo Minganti - Ambiente, Dissesto idrogeologico, Protezione civile, Agricoltura, Caccia e pesca, Centrale unica di committenza - stazione appaltante - vigilanza sull’esecuzione dei contratti, Politiche per la casa; Lorenzo Cipriani - Cultura e giovani; Benedetto Zacchiroli - Sviluppo economico e sociale, Politiche del lavoro tavolo di salvaguardia del patrimonio produttivo, Semplificazione sistemi informativi, digitalizzazione e Relazioni internazionali).
Gli altri organi di governo sono la Conferenza metropolitana, il Consiglio metropolitano, l’Ufficio di presidenza.
La Conferenza metropolitana, composta dal sindaco metropolitano e da tutti i sindaci dei comuni appartenenti alla Città metropolitana, è un organo propositivo e consultivo.
La legge prevede che:
A Bologna in realtà quest’organo esisteva già. Nata nel 1994 da un accordo fra Comuni e Provincia di Bologna e prevista dallo Statuto provinciale, la Conferenza metropolitana si è occupata di discutere i principali problemi legati al governo del territorio (viabilità, servizi, ospedali, scuola, infrastrutture, difesa del suolo, pianificazione sostenibile).
Il Consiglio metropolitano, composto da 18 consiglieri, è formato dai sindaci e dai consiglieri dei Comuni dell’area metropolitana, eletti, con sistema elettorale di secondo grado, dagli stessi amministratori di tutti i Comuni del territorio. È l’organo di indirizzo e controllo della Città metropolitana: propone alla Conferenza metropolitana lo Statuto e le sue modifiche; approva regolamenti, piani e programmi; su proposta del sindaco metropolitano, adotta gli schemi di bilancio da sottoporre al parere della Conferenza metropolitana e li approva in via definitiva.
L’Ufficio di presidenza è un organo previsto specificamente dallo Statuto della Città metropolitana di Bologna a supporto dei lavori della Conferenza metropolitana. Composto dal sindaco metropolitano e dai presidenti delle Unioni di Comuni, ha il compito di raccordare con le Unioni le politiche e le azioni della Città metropolitana, nonché di istruire i lavori della Conferenza metropolitana.